Conflans Sainte-Honorine tient son nom de sa position à la confluence de l'Oise et de la Seine et des reliques de la Sainte actuellement conservées dans l'église Saint Maclou.
Les premières traces de vie humaine remontent à la Préhistoire, avec la mise à jour d'une sépulture mégalithique contenant une trentaine de squelettes et une allée couverte néolithique.
Au Moyen âge, Conflans Sainte Honorine est un village de paysans et de pêcheurs installés sur l'éperon rocheux à un kilomètre environ en amont du confluent.
En 876 sous le règne de Charles le Chauve, Roi de France, des moines de Graville (près du Havre) vinrent à Conflans Sainte Honorine mettre à l'abri les reliques de Sainte Honorine (martyre du III'siècle) des invasions Viking.
Par la suite, Conflans Sainte Honorine devient un lieu de pélerinage. En 1080, Yves IV de Beaumont fonde un prieuré et fait appel aux moines du Bec-Helloin (Normandie) pour veiller sur les reliques.
Il ne reste aujourd'hui de ce prieuré que trois celliers dont le plus grand se visite lors des journées du patrimoine.
C'est à la fin du XI'siècle que fut édifié, par le comte de Beaumont, seigneur de Conflans Sainte Honorine, le " Château Vieux " dit " la Baronnie " dont il subsiste aujourd'hui le donjon carré dénommé " Tour Montjoie" (de Montjovis romain).
A la même époque, est construite l'église paroissiale Saint Maclou qui sera modifiée au cours des siècles pour acquérir sa forme définitive au XIX'siècle.
Au XII'siècle, Conflans Sainte Honorine qui prospère tire aussi profit de la naissance du commerce fluvial. Les berges s'animent et de nouveaux métiers apparaissent.
Cependant, jusqu'au XIX'siècle, les habitants de Conflans Sainte Honorine sont essentiellement des agriculteurs et des carriers tirant de la falaise la pierre du " banc royal " utilisée pour la construction de certains monuments de Paris tels que le Louvre, le Palais Bourbon...
Avec la canalisation des rivières et l'apparition de la machine à vapeur et du touage, la batellerie prends son plein essor. En 1855, est immergé dans la Seine une chaîne servant au touage et reliant Paris à Conflans Sainte Honorine.
En 1860, la famille Gévelot construit sur les restes de l'ancien prieuré un château pseudo-renaissance qui abrite aujourd'hui le musée de la batellerie.
A la révolution industrielle, les moyens de transport se développent et les parisiens viennent en train passer leurs dimanches à Conflans Sainte Honorine pour pêcher et se baigner.
Aujourd'hui, l'activité batellière bien que moins dense est toujours présente.